伊勢神宮周辺では、内宮・外宮と別宮のほかにも御朱印をいただける寺社があります。以下に平成28年4月時点で確認できている情報をまとめます。
今後、新しい情報が確認できれば追記していきたいと思います。
猿田彦神社と二見興玉神社
伊勢神宮周辺の神社で特に有名なのがこの2社です。いずれも別表神社。特に説明は不要だと思います。
猿田彦神社
伊勢市浦田二丁目1-10 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅からバス「内宮前」行きに乗車、「猿田彦神社前」下車すぐ。内宮からは徒歩圏です。専用駐車場あり、入庫30分は無料。
公式サイト：http://www.sarutahikojinja.or.jp/
代々「玉串大内人」として神宮に仕えてきた宇治土公氏が祖神・猿田彦命を邸内に祀ってきたもので、「啓行（みちひらき）」の神として広く信仰を集めています。御朱印は授与所にていただけます。
境内社の佐留女神社の御朱印もいただくことができます。
二見興玉神社
伊勢市二見町江575 [Mapion|googlemap]
JR参宮線二見浦駅から徒歩約15分。もしくは伊勢市駅・宇治山田駅から「鳥羽」行きバスで約20分、「夫婦岩東口」下車徒歩約5分。
公式サイト：http://www.amigo2.ne.jp/~oki-tama/
夫婦岩を望む二見浦の立石崎に鎮座します。古来、伊勢参宮の前には二見浦で潔斎（禊ぎ）をするのが例となっていました。授与所の対応時間は日の出から日の入りまでだそうです。平成28年3月の参拝では、午後6時前の日の入り寸前に授与していただきました。
境内の龍宮社でも御朱印をいただけます。龍宮社の授与所でいただくのですが、対応する時間は本社より短いようです。平成28年3月の参拝時、本社の授与所は対応していましたが、龍宮社のほうは閉まっていました。
神宮周辺の産土神
神宮の門前である宇治・山田をはじめ、神宮の周辺には神宮に属する摂社・末社など多数の社がありますが、そのほかにも地域の産土神として信仰されてきた神社があり、御朱印をいただけるところもあります。
宇治神社
伊勢市宇治今在家町172 [Mapion|googlemap]
「内宮前」バス停から徒歩すぐ。
内宮の門前町・宇治4ヶ町の産土神です。境内の「足神さん」は、伊勢市出身の野口みずきさんがアテネオリンピックの前に参拝し、見事金メダルを獲得したことから脚光を浴びたそうです。
特に表示はないのですが、内宮宇治橋前の駐車場を奥に進んでいくと鳥居が見えてきます。ネット上の情報によれば、社務所の受付対応は土曜・日曜と毎月1日・15日で、時間は午前9時～12時だそうです。
世木神社
伊勢市吹上一丁目2-6 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から徒歩すぐ。
公式サイト：http://sgshrine.blogspot.jp/
外宮の門前町・山田の産土神八社の一つ。伊勢市駅の目の前に鎮座しています。御朱印をいただくことができますが、不在のことも少なくないようで、私は5回目（御朱印目的では3回目）の参拝でようやくいただけました。
茜社
伊勢市豊川町274 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から徒歩約7分。
公式サイト：http://akonesan.com/（※リンク切れ）
関連ページ：茜社 山田産土神八社
山田産土八社の一つ。勾玉池のほとり、外宮の宮域といってもよい場所に鎮座しています。入口2ヶ所のうち、片方は外宮のバス専用駐車場にあります。境内の豊川茜稲荷社が庶民の信仰を集めてきたようです。御朱印は授与所にて。
須原大社
伊勢市一之木一丁目3-6 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から徒歩約7分。
山田産土八社の一つ。月夜見宮の西側に鎮座します。境内に入って手前の社殿が御本社、奥にあるのは境内社の須原稲荷神社です。御朱印は社務所にていただけます。
箕曲中松原神社
伊勢市岩渕一丁目14-25 [Mapion|googlemap]
宇治山田駅から徒歩1分。
山田産土八社の一つで、唯一県社だった神社です。宮司さんがほとんどいらっしゃらないため、御朱印をいただくのはかなり困難です。平成28年8月、例祭に合わせて参拝し、ようやくいただくことができました。
（この項、平成28年8月26日追加）
祖霊社
伊勢市岡本一丁目17-9 [Mapion|googlemap]
宇治山田駅から徒歩10分足らず。
公式サイト：http://www.soreisya.or.jp/
明治維新の後、伊勢では多くの人が神道に改めました。それらの人々の祖霊を祀り、神葬祭を行うところのようです。御朱印は社務所でいただけました。
その他の神社
山田産土神八社（藤社が坂社に合祀されているため、実際は7社）では、上記3社のほか宇治山田駅から徒歩すぐの箕曲中松原神社でも御朱印がいただけるようですが、宮司さんは不在のことが多いようです（筆者も未拝受）。
※平成28年8月に拝受。詳しくは上に。（平成28年8月26日追記）
今社と上社は神職常駐ではないようで、御朱印の有無は未確認。ただし、ネット上には上社の御朱印がアップされています。
http://ps.55555.to/mie/kami_yashiro/
坂社は未参拝のため、御朱印についても確認できていません。
※平成28年8月に坂社参拝。神職常駐ではないようで、御朱印の有無は確認できませんでした。（平成28年8が圧25日追記）
その他の旧伊勢市内の神社では、船江上神社が以前は御朱印を授与していたが、現在はしなくなったという情報があります。その他の神社については未確認です。
※伊勢市古市町の長峯神社では御朱印がいただけるようで、ネット上にもアップされています。社務所にも御朱印の表示がありましたが、神職さんが常駐しているわけではなさそうです。（平成28年8月26日追記）
http://blogs.yahoo.co.jp/saiga5178/68581261.html
郊外では、旧小俣町の官舎神社で御朱印をいただくことができます。度会郡玉城町の田丸神社でもいただけるようです。
官舎神社
伊勢市小俣町小俣本町1446 [Mapion|googlemap]
ＪＲ宮川駅から徒歩すぐ
式内社。伊勢神宮の大宮司・大中臣氏の氏神で、天平勝宝8年（756）大宮司・津島朝臣子松が奈良の春日社を津島崎に勧請し、延暦16年（797）神宮祭主・大中臣朝臣諸魚らが離宮院境内に遷座したとされます。御朱印は社務所にて。
神宮周辺の寺院
明治の初め、神宮のお膝元の宇治・山田では激しい廃仏毀釈が行われ、多くの寺院が廃寺となりましたが、その中を耐え抜いた寺院が今も残っています。
勝峰山金剛證寺
伊勢市朝熊町548 [Mapion|googlemap]
近鉄・五十鈴川駅より参宮バス約25分「金剛證寺」下車（土・休日のみ）
自家用車かタクシーでの参拝が便利でしょう。公共交通機関を使う場合、土日祝日に運行される三重交通の参宮バスを利用することができます。ただし、1日5往復で、同じバスで帰るのであれば滞在時間は40分程度となります。
臨済宗南禅寺派。朝熊山の金剛證寺は神宮の奥の院ともいわれ、伊勢音頭にも「朝熊かけねば片参り」と歌われました。伊勢西国三十三観音の第2番。御朱印は本堂にて。奥の院にも御朱印があるようですが、そちらに行くのであれば、約2時間半後の次のバスを利用しなければならないでしょう。
龍池山観音寺（松尾観音寺）
伊勢市楠部町156-6 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から「内宮前」行きバス、「徴古館前」下車徒歩約15分。土休日であれば参宮バス「松尾観音寺」バス停も利用可能、徒歩すぐ。
公式サイト：http://matsuokannonji.com/
伊勢西国三十三観音の第3番で、日本最古の厄除観音霊場とされます。無宗派の単立寺院。近年改修した本堂の床板に龍神様の姿が現れているというのが話題になっているそうです。御朱印は授与所にて。
教王山世義寺
伊勢市岡本二丁目10-80 [Mapion|googlemap]
宇治山田駅から徒歩約10分。
役行者霊蹟札所、三重四国八十八ヶ所84番。真言宗醍醐派。最盛期には塔頭19院を擁したという名刹です。御朱印は上記札所の2種類で、揮毫は同じですが朱印が違います（画像は役行者霊蹟札所のもの）。寺務所にていただけます。
日の丸山欣浄寺
伊勢市一之木二丁目6-7 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から徒歩約7分。
法然上人二十五霊蹟第12番。浄土宗。承安5年（1175）法然上人は念仏弘通を祈願して伊勢神宮に参籠しました。この時に感得した「日輪の名号」を奉安しています。明治の廃仏毀釈で廃寺となりますが、明治15年（1882）再興されました。御朱印は寺務所にていただけます。
高日山常明寺
伊勢市一之木一丁目5-19 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から徒歩10分ほど。
日蓮宗。須原大社の西側にあります。常明寺は明治の廃仏毀釈で廃寺となった天台宗の名刹で、現在の倭町にありました。日蓮聖人は清澄寺での立教開宗に先立ち、常明寺に百日間参籠して伊勢神宮に参拝し、三大誓願を立てたと伝えられます。この由緒により、明治23年（1890）日蓮宗寺院として再興されました。御首題は庫裏（住職さんのお宅）で声をかけ、本堂のほうでいただきました。
栄松山寂照寺
伊勢市中之町101 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅・宇治山田駅から「浦田町」行きバス、「中之町」下車徒歩約2分。駐車場あり。
浄土宗。千姫の菩提寺として建立されました。昭和44年から平成18年まで伊勢西国三十三ヶ所の第4番札所だったため、現在も観世音菩薩（お岩観音）で御朱印を受ける人が多いとのことです（「伊勢西国四番札所」の印も押されています）。それでもよかったのですが、住職さんに中興の月僊上人に関心があって参拝した旨を伝えたところ、南無阿弥陀仏の名号を書いてくださいました。
月僊上人というのは本当に偉い宗教者なのですが、ここでは省略します。
（この項、平成28年8月26日追加）
神護峯中山寺
伊勢市勢田町411 [Mapion|googlemap]
伊勢市駅から「内宮」行きバス、「勢田町」下車徒歩2分。駐車場あり。
臨済宗妙心寺派。伊勢西国三十三ヶ所第5番、東海白寿観音の第9番札所でもあります。慶安4年（1651）伊勢亀山城主・石川昌勝が願主となり、妙心寺第137第住持・愚堂東寔禅師を開山として創建されました。明治の廃仏毀釈で天台宗・蓮台寺が廃寺となった際、その御本尊の観世音菩薩を迎え、第5番札所も引き継いだそうです。
（この項、平成28年8月26日追加）
潮音山太江寺
伊勢市二見町江1659 [Mapion|googlemap]
ＪＲ二見浦駅から二見興玉神社を経由して徒歩約30分、またはＪＲ松下駅から徒歩約15分。伊勢市駅・宇治山田駅から「鳥羽」行きバスに乗り、「夫婦岩東口」下車徒歩約7分。
公式サイト：http://taikouji.com/
伊勢西国三十三観音の第一番札所。真言宗醍醐派。行基菩薩の開基とされ、本尊の千手観音は国の重要文化財に指定されています。御朱印は本堂脇の授与所でお願いしました。
御本尊の御朱印のほか、伽藍鎮守である興玉社の御朱印もいただくことができます。二見興玉神社の元社になります。
上記以外では、伊勢市勢田町にある神護峯中山寺が伊勢西国三十三観音の第5番札所であり、御朱印があると思われます（平成28年8月に御朱印拝受、追加）。他にも御朱印をいただけるのではないかと思われる寺院がありますが、現時点では確認していません。
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